尼尔斯·豪尔耶松是一个爱恶作剧，经常欺侮小动物的小男孩儿。

一天他因为招惹了小狐仙，被变成了一个拇指大的小人。但是他能听懂禽兽的话。

尼尔斯想和小狐仙讲和，重新变回人的样子。他去牛棚找狐仙的途中，曾经被他欺辱过的小动物看到他现在很弱小。喜鹊、鹅、鸡等嘲笑他、围攻他。这时候偶然经过的猫救了他。

于是他向猫求救，让猫带他去找小狐仙，但是猫不答应，因为猫还在记恨他。他像以前一样威胁猫，可是猫几乎要杀了他；但是看在主人的份上，又放开他。

他只好独自走进牛棚。三头牛不停地向他吼叫，抱怨他曾经打过他们，拉过他们的尾巴，还拿走了他妈妈挤奶的小板凳。

他垂头丧气，只好回到自己家的后院，很后悔——不该招惹小狐仙。正在他难过的时候，天上飞过一群大雁，要把他们家的鹅带走。终于雄鹅动心了。尼尔斯不顾自己弱小无力，阻拦雄鹅。可是雄鹅把他也一起带到天空。

就这样，他开始了他的奇妙之旅。